Există două tipuri de microscoape cu fluorescență în ceea ce privește calea lor optică
1. Microscop cu fluorescență cu transmisie: Sursa de lumină de excitație este trecută prin materialul eșantionului printr-o lentilă de condensare pentru a excita fluorescența. Un colector de câmp întunecat este folosit în mod obișnuit, iar un colector obișnuit poate fi, de asemenea, utilizat pentru a regla oglinda, astfel încât lumina de excitație să fie redirecționată și ocolită către specimen. Acesta este un microscop fluorescent mai vechi. Avantajul este că fluorescența este puternică la mărire scăzută, dar dezavantajul este că fluorescența scade odată cu creșterea măririi. Prin urmare, este mai bine să observați materiale de eșantionare mai mari.
2. Microscopul epi-fluorescență este un nou tip de microscop cu fluorescență dezvoltat în timpurile moderne. Diferența este că lumina de excitație cade de la lentila obiectivului în jos pe suprafața specimenului, adică aceeași lentilă obiectiv este folosită ca condensatorul de iluminare și lentila obiectiv pentru colectarea fluorescenței. Un separator de fascicul dicroic trebuie adăugat în calea luminii, care este la 45 de grade distanță de uraniul ușor. Lumina de excitație este reflectată în lentila obiectivului și colectată pe probă. Fluorescența generată de probă și lumina de excitație reflectată de suprafața lentilei obiectivului și suprafața de acoperire a sticlei intră în lentila obiectivului în același timp și revin la separatorul de fascicul cu două culori pentru a face lumina de excitare separată de fluorescență , lumina de excitație reziduală este absorbită de filtrele de blocare. Cum ar fi schimbarea la o combinație de filtru de excitație diferit/divizor de fascicul cu două culori/filtru de blocare, poate satisface nevoile diferitelor produse de reacție fluorescente. Avantajul acestui tip de microscop cu fluorescență este că iluminarea câmpului vizual este uniformă, imaginea este clară și cu cât mărirea este mai mare, cu atât fluorescența este mai puternică.
