Există două tipuri de microscoape cu fluorescență în ceea ce privește căile lor optice:
1. Microscop cu fluorescență cu transmisie: Sursa de lumină de excitație este utilizată pentru a excita fluorescența prin trecerea prin materialul eșantionului printr-o lentilă de condensare. Pot fi utilizate, de asemenea, concentratoare de câmp întunecat utilizate în mod obișnuit, iar concentratoarele obișnuite pot fi folosite pentru a regla reflectorul pentru a redirecționa și a lobi lateral lumina de excitație pe eșantion. Acesta este un microscop cu fluorescență relativ demodat-. Avantajul său este fluorescența puternică la mărire scăzută, dar dezavantajul său este că fluorescența sa scade odată cu creșterea măririi. Prin urmare, este mai bine pentru observarea materialelor specimene mai mari.
2. Microscopul cu fluorescență cu lumină în cădere este un nou tip de microscop cu fluorescență dezvoltat în timpurile moderne. Spre deosebire de cele de mai sus, lumina de excitație cade din lentila obiectiv în jos pe suprafața specimenului, folosind aceeași lentilă obiectiv ca și condensatorul de iluminare și lentila obiectiv pentru colectarea fluorescenței. La calea optică trebuie adăugat un separator de fascicul cu două culori, care este la 45 de grade față de uraniul ușor. Unghi, lumina de excitație este reflectată în lentila obiectivului și focalizată pe eșantion. Fluorescența generată de probă, precum și lumina de excitație reflectată de suprafața lentilei obiectivului și a sticlei de acoperire, intră în lentila obiectivului și revin la separatorul de fascicul cu două culori, separând lumina de excitare și fluorescența. Lumina de excitație reziduală este apoi absorbită de filtrul de blocare. Dacă sunt utilizate diferite combinații de filtre de excitație/separatoare de fascicule cu două culori/filtre de blocare, acestea pot satisface nevoile diferitelor produse de reacție fluorescente. Avantajele acestui microscop cu fluorescență sunt iluminarea uniformă a câmpului, imaginile clare și fluorescența mai puternică cu o mărire mai mare.
